“超能开发”被列为从东京西部分割出来的城市的学校课程的一部分。230万人口中，80%是学生，所以被称为雪原市。他们每天都在大脑发育上互相竞争。根据能力不同，分为六级，从无能到超能力。故事的主人公上条当麻是学院里唯一不称职的人。但他不是完全没有能力，而是有能力使所有能力的效果失效。只有他的右手可以使用这个能力，他把自己的这个连神的奇迹都可以抹杀的能力命名为“幻杀”。正是因为他不被赏识的吃喝，所以他经常过着不快乐的生活。


某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位从天而降的全白装束的修女，这位少女自称自己的名字叫“禁书目录”，并是从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔术师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙世界，开始了守护少女的战斗……掌握了数万究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年，会为大家演绎出什么样的故事来呢？