明末江南沿海海盗猖獗，围棋棋坛也面临着正义的围棋精神与邪恶的围棋势力的冲突。江流儿的父亲江凌云作为朝廷的秘官，带着江流儿到江南秘密调查日军事件。江流儿被临时寄养在灵云寺，江流儿在那里与三个小和尚同时赢了一场大赛。老和尚元德深感江流儿是百年一遇的围棋天才。

蒋六儿抗日英雄尧道王被诬陷为通口。江凌云在调查中发现蹊跷，被人在背后捅了一刀，江流儿成了孤儿。元德和尚鼓励江流儿去外面学习各门派的棋艺，参加20年的围棋国手大赛。为了在全国象棋比赛中赢得“棋圣”的称号，江南围棋四大流派暗中展开了激烈的角逐。江湖阅历不深的江六儿，被西晋棋院用来搅动棋坛。老棋手刘南如为了拯救围棋天才，被迫与江六儿对弈，但江六儿用漫长的考试把他拖下棋盘，引起强烈反响...

全国比赛前，江流儿遇到了一个疯狂的乞丐，他就是二十年前的天才棋手林新成。20年前，日本棋手张鹤用自己潜心研究的“天魔”配方打败了中国棋手。中国的棋坛看到全军覆没。致力于围棋创新的林心诚，用自己的“天人合一”打败了张合。张合发誓要训练弟子再杀他一次。林心诚也“死”了，因为他的围棋天赋被保守派羡慕和围攻，却奇迹般地活了下来，一直装疯卖傻。江流儿的围棋天赋被林心诚发现，并把自己多年学习的“天人合一”传授给了江流儿，然后他就安然闭上了眼睛。随着全国手办大赛的正式开始，全国各路选手展开了激烈的角逐，江流儿因感情纠葛落选，心灰意冷流落街头。

日本围棋天才少年黑木是张鹤的关门弟子。张合告诉他，只有打败中国围棋，才能称得上天下第一。黑木在前倭寇首领佐佐木的陪同下，前往中国挑战中国围棋。看了中国国手大赛的比赛，布莱克伍德充耳不闻。就在布莱克伍德得意的时候，江流儿出现了，和他下起了盲棋。两个年轻的围棋天才下盲棋的结果和游戏里的一模一样。

在黑木与江六儿的生死博弈中，江六儿将“天地和谐”发挥到了极致，最终战胜了黑木(其实按照日本围棋的规则，他们应该是和棋)，两个围棋少年成为了好朋友。