第一个故事结束不久，片中的四位主角又坐不住了。狮子亚历克斯(Alex)、斑马马蒂(Marty)、长颈鹿麦曼(Maiman)和河马格洛丽亚(Gloria)在第一部电影中带着几个企鹅仙女再次出发，但这一次他们是被大自然召唤来的。我想回到非洲大草原，我祖先生活的天堂。于是在当地一些土著浣熊，也就是他的主人《功夫熊猫》阿婆的帮助下，他得到了一架非常酷的飞机，由几只企鹅驾驶，在热烈的欢呼声中扬帆起航！飞机是好飞机，没错，但是飞行员的水平值得研究！在飞往马达加斯加时，他们听到了激动人心的好消息——我们要着陆了！当然降落的方式是坠毁！

一堆人跌跌撞撞或跌入大地母亲的怀抱，真正面对祖先生活的大草原时，泪流满面——妈的，我还不如不来！毕竟它们常年生活在城市的动物园里，所以它们会很熟悉这片大草原上的生存准则！虽然他们最终遇到了更多的同类，但这些朋友并不像孩子一样可爱，不仅对他们百般戏弄还把他们引入歧途。更夸张的是，他们还要面对各种猎人的骚扰。虽然和人类打交道不是什么新鲜事，但是拿着枪的人类可不好玩！一时间，四大低等生物进退两难，演变成“待在大自然里？”还是回到动物园？“一个尴尬的选择。当我要离开这里的时候，我常常回头看那堆只剩骨架的飞机和开始修理这架只剩骨架的飞机的企鹅，四个下等人立刻失去了信心！在如此困难的情况下，他们应该怎么做，又会怎么做？