从冥王星附近，地球发现了一枚近代史上最巨大的陨石。拥有近乎行星质量的陨石一旦接近地球，就意味着——对人类来说是面对的就是灭亡。　与陨石带来的威胁相对抗的是人类国际太阳系开发机构「ISDA」，他们开始进行一项绝密的项目，这个绝密项目被称为「D项目」，而项目的内容，是根据利用了在小笠原近海被发现了的神秘的生命体龙的生态兵器·ドラゴノーツによって，直接破坏陨石！在这个项目推行的背后，2年前由于飞船事故失去了家族的孤独的少年"カミシナ・ジン"，被某位"トア"的神秘的美少女所救。命运性的相遇使两人互相被吸引互相……。